Skillnader är att företagsadministrativa system ofta är interna och krävs för att företaget ska hålla ordning på ekonomi, personal, produkter, etc. Näthandel är en del av företagets ansikte utåt och handlar mycket om kontakt med kunden. Företagsadministrativa system har inte så mycket med direktförsäljning och marknadsföring att göra, vilket näthandel i högsta grad har.

Likheterna är att båda hanteras med hjälp av datorer och kräver därmed också kompetent personal inom detta område. Näthandel och företagsadministrativa system kan dela databaser, t.ex. kundregister, produktregister, etc. Båda är en integrerad del av företaget i stort.